Ο Ιωάννης Βίρλος έχει παρουσιάσει τις επιστημονικές του εργασίες σε σειρά διεθνών επιστημονικών συνεδρίων χειρουργικής ανά την υφήλιο, στα οποία έχει αποσπάσει διακρίσεις. Έχει μία σειρά δημοσιευμένων εργασιών και άρθρων σε έγκυρα διεθνή επιστημονικά χειρουργικά και γαστρεντερολογικά περιοδικά και πρακτικά συνεδρίων ενώ είναι κριτής (reviewer) αναγνωρισμένων επιστημονικών περιοδικών χειρουργικής, όπως το British Journal of Surgery και το Colorectal Disease.